Организации с несколькими обособленными подразделениями могут представлять единый расчет по форме 6-НДФЛ

Информация ФНС России    

Если организация планирует централизованно уплачивать НДФЛ и представлять отчетность, то о выбранном ответственном подразделении она должна уведомить налоговые органы.

Отчетность может представляться:

по месту нахождения головной организации либо выбранного ею ответственного обособленного подразделения, если они находятся в одном муниципальном образовании;

по месту нахождения выбранного ответственного обособленного подразделения, если подразделения расположены в одном муниципальном образовании, а головная организация - в другом.